Jonathan phát hiện ra rằng việc nói tiếng Anh theo giọng Anh rất không phổ biến sau khi chuyển tới Chicago, nên ông đã học cách nói sao cho "nghe giống y như một đứa trẻ Chicago."[6]

Khi suy ngẫm về sự khác biệt giữa ông và anh trai, Nolan nhận xét: "Tôi đã luôn luôn nghi ngờ điều đó có liên quan gì đến thực tế là anh ấy là người thuận tay trái và tôi là người thuận tay phải, bởi vì anh ấy có thể nhìn vào ý tưởng của tôi và lật qua lại chúng xung quanh theo một cách như chỉ là thêm vào một chút twist và sự thú vị. Thật tuyệt khi có thể làm việc với anh ấy theo cách đó."[14]

Nolan đã kết hôn cùng biên kịch bộ phim Burn Notice là Lisa Joy.[15][16] Họ có một con gái,[17] và dự kiến sẽ có thêm một đứa con thứ hai.[18]